De bezoldiging die een commissaris ontvangt voor de toezichthoudende werkzaamheden moet in beginsel buiten de loonadministratie om worden uitbetaald. In dat geval houdt de corporatie geen loonheffing en premie Zorgverzekeringswet in.
De commissaris geeft in de aangifte inkomstenbelasting, de ontvangen bezoldiging op als resultaat uit overige werkzaamheden. De kosten die de commissaris maakt in verband met de uitoefening van de toezichthoudende werkzaamheden kunnen, mits onbelast en niet al door de corporatie vergoed, hierop in mindering worden gebracht.
De commissaris betaalt inkomstenbelasting, premies volksverzekering en premie Zorgverzekeringswet na aanslag door de Belastingdienst.
Opting-in
Wanneer de commissaris en de corporatie dit wensen, kan onder voorwaarden alsnog via de loonadministratie worden uitbetaald (i.e. opting-in). Hiertoe moeten de commissaris en de corporatie een gezamenlijke verklaring indienen bij de Belastingdienst (zie hiervoor de site van de Belastingdienst). Daarmee ontstaat een vrijwillige fictieve dienstbetrekking. De corporatie houdt dan loonheffing en de premie Zorgverzekeringswet in. De werknemersverzekeringen zijn niet van toepassing.
De inkomsten uit het commissariaat worden voor de inkomstenbelasting gezien als: inkomsten uit arbeid. Eventueel te veel ingehouden premie Zorgverzekeringswet (als er sprake is van meerdere werkgevers), wordt door de Belastingdienst terugbetaald aan de commissaris.
Commissaris vanuit IB of BV
De commissaris die vanuit een IB-onderneming of BV opereert wordt door de corporatie uitbetaald na een (vormvrij) verzoek tot uitbetaling aan de onderneming, zonder btw.